食品微生物检验方法是食品质量管理必不可少的重要组成部分，它是贯彻“预防为主”的方针，可以有效地防止或者减少食物人畜共患病的发生，保障人民的身体健康。目前，我国卫生部颁布的食品微生物指标有菌落总数、大肠菌群和致病菌3项。
1、菌落总数
菌落总数是指食品检样在严格规定的条件下(样品处理、培养基及其pH值、培养温度与时间、计数方法等)培养后，单位重量(g)、容积(mL)或表面积(cm2)上，所生成的细菌菌落总数。
2、大肠菌群
肠杆菌科的埃希氏菌属，柠檬酸杆菌属，肠杆菌属和克雷伯菌属统称为大肠菌群。它们均来自人或温血动物肠道，不形成芽孢，在35-37℃条件下发酵乳糖产酸产气的革兰氏阴性杆菌。这些细菌是寄居于人及温血动物肠道内的常居菌，它随着大便排出体外。食品中如果大肠菌群数越多，说明食品受粪便污染的程度越大。故以大肠菌群作为粪便污染食品的卫生指标来评价食品的质量，具有广泛的意义。
3、致病菌
致病菌即能够引起人们发病的细菌。大肠菌群检验呈阳性，并怀疑食品可能受到致病菌污染时可进行致病菌检验。在我国现有的国家标准中，致病菌一般指“肠道致病菌和致病性球菌”，主要包括沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌、致病性链球菌等四种，致病菌不允许在食品中检出。