有机肥料含有植物需要的大量营养成分，对植物的养分供给比较平缓持久，有很长的后效。有机肥料还含有多种微量元素。由于有机肥料中各种营养元素比较完全，而且这些物质完全是无毒、无害、无污染的自然物质，这就为生产高产、、无污染的绿色食品提供了必须条件。有机肥料含有多种糖类，施用有机肥增加了土壤中各种糖类。有了糖类，有了有机物在降解中释放的大量能量，土壤微生物的生长、发育、繁殖活动就有了能源。
生物有机肥与化肥区别：
①生物有机肥营养元素齐全；化肥营养元素只有一种或几种。
②生物有机肥能够改良土壤；化肥经常使用会造成土壤板结。
③生物有机肥能提高产品品质；化肥施用过多导致产品品质低劣。
④生物有机肥能改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力；化肥则是作物微生物群体单一，生病虫害。
⑤生物有机肥能促进化肥的利用，提高化肥利用率；化肥单独使用易造成养分的固定和流失。
有机肥应充分腐熟后施用
未经腐熟的有机肥在土壤中经微生物分解发酵，产生的氨气容易引发作物烧根、中毒，有的还会滋生杂草和传播病虫害。因此，应提倡将其充分发酵后施用，提倡在田边地头建贮粪池发酵的方法，或者将堆肥堆积加水湿润，用泥封住，使其温度达到35℃～40℃，经过25～30天即可发酵完毕，高温法将粪肥在60℃条件下充分发酵，可杀灭其内的虫卵和杂草种子，使用时更安全有效。
不宜过于集中或施用量过大
尤其在旱地作物施肥时，如果直接将有机肥施于行间或作物根部附近，因旱土持水量小，根系周围一时浓度过大，根系接触到肥堆后，会造成作物生理失水，形成反渗透现象，作物不但吸收不到养分，反而会使根系内的水分和养分外渗，使作物生长不良或出现萎蔫而失水死苗，出现土壤养分不平衡，因此应将有机肥作底肥，均匀地拌于土壤中，做到与土壤融为一体。在生长期施有机肥，应开沟条施或穴施，施后覆土，切不可撒于地面。叶菜类蔬菜一般不宜用高浓度液体有机肥作叶面肥喷施。
晒干施用肥效损失大
有的地方在采用秸秆还田作有机肥源时，因发酵腐烂不充分，又过于集中施用稻株行间，结果是在腐烂中产生大量，多有气泡冒出，使稻根变黑，禾苗迟发，不及时补救会使全田出现僵苗，引起减产。遇到这种情况，应立即排水晒田，在排水晒田后及早喷施复硝酚钠等促进根系生长的生长调节剂，并加1%磷酸二氢钾和1%尿素混合喷雾，可较好恢复正常生长。